海底小纵队接到紧急求助，章鱼堡附近海域发生地震，导致珊瑚礁塌陷，海洋生物被困。巴克队长率领呱唧、皮医生等队员驾驶潜艇火速赶往现场。他们发现小丑鱼尼莫一家被压在珊瑚下，急需救援。皮医生用医疗设备稳定伤情，巴克队长指挥机械臂清理碎石，呱唧则负责吸引大型掠食者远离现场。在团队协作下，尼莫一家成功获救。然而，次生海啸即将来袭，小纵队又面临疏散整个海底社区的挑战。他们利用基地的声波屏障暂时阻挡海啸，为居民争取撤离时间。最终，所有生物安全转移，小纵队用智慧和勇气守护了海洋家园。