在纽约的下水道深处，忍者神龟们再次崛起。这一次，他们面对的是来自深海的变异军团，首领是疯狂的科学家巴克斯特·斯托克曼，他利用基因改造技术制造出半鱼半机械的怪物。莱昂纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗基罗必须团结一致，利用他们独特的武术和智慧，阻止斯托克曼污染水源并控制城市。影片结合了炫酷的动作场面和幽默对话，神龟们与盟友艾普莉尔·奥尼尔和斯普林特老师并肩作战，揭示了一个关于家庭与责任的暖心故事。高潮部分，神龟们潜入水下基地，展开一场惊心动魄的最终对决，展现了真正的英雄气概。