第二季中，莱昂纳多·达·芬奇继续追寻圣杯的真相，同时深陷佛罗伦萨的政治漩涡与教廷的阴谋。他运用超凡智慧设计出惊世发明，却引来异端审判会的追杀。情感上，他与卢克蕾齐娅的爱情面临考验，而美第奇家族的权力斗争愈演愈烈。最终达芬奇发现圣杯的秘密远超想象，竟关乎时空奥秘，为拯救所爱之人，他必须直面终极抉择。本季剧情更复杂，动作场面升级，烧脑程度倍增。