第三季中，超人克拉克·肯特面临前所未有的星际威胁。来自氪星的残余势力与地球上的邪恶科学家勾结，试图利用一种名为‘暗物质引擎’的装置撕裂时空，重建氪星。超人在露易丝·莱恩和正义联盟的协助下，发现敌人隐藏于月球基地。经过激烈交锋，超人牺牲部分力量摧毁引擎，但暗物质泄露导致他觉醒新能力——时间感知。本季高潮迭起，探讨英雄主义与牺牲精神，同时埋下伏笔：平行宇宙的另一个超人突然现身，为第四季的多元宇宙大战铺垫。