地球再次面临外星威胁，黑衣人组织紧急召回退役探员K和J。这一次，一股神秘外星势力企图利用基因改造技术控制人类，而K和J必须联手新一代探员，穿越全球阻击阴谋。他们发现幕后黑手竟是来自平行宇宙的邪恶复制体，决战时刻，K和J牺牲自我，最终用记忆清除器拯救了人类，但真相却隐藏在一段被抹去的录像中。